Con evidencias fehacientes de haber sido ocupada una pequeña parte del territorio en época romana durante los siglos I-IV d. C., es a finales del siglo XV y principios del XVI cuando atisbamos las primeras noticias que hacen referencia al municipio, obteniendo D. Jaime de Santángel, señor de Redován y Baile General de Orihuela la concesión por parte del consejo, de la “gracia del Fondón” en 1498, anexionando dichas tierras al Señorío de Redován, que él mismo había fundado pocos años antes.
A causa de la crisis que afectó a la nobleza valenciana en el siglo XVI, el Señorío de Redován fue embargado a D. Diego de Santángel en 1579 por Felipe II, siendo sacado a pública subasta en diferentes ocasiones, sin que nadie ejerciese la compra del mismo.
El 16 de octubre de 1614, D. Jerónimo de Rocamora, uno de los primeros interesados en ejercer el derecho de compra del señorío, se reunirá con los habitantes de Redován, con la intención de hacer efectivos los derechos de propiedad, redactando los acuerdos mediante los cuales otorgar la primera carta puebla del municipio. A pesar de otorgar la carta puebla, D. Jerónimo de Rocamora no alcanzará su propósito de hacerse con el señorío, ya que finalmente será comprado por la cantidad de 12.000 libras por la Orden Dominica del Ilustre Colegio de Predicadores de Orihuela, tomando posesión del mismo el 12 de enero de 1616.
Hondón de los Frailes quedará bajo la intendencia del Colegio de Predicadores durante los próximos dos siglos. La definitiva desamortización promovida por el gobierno liberal de Isabel II, más concretamente, la llevada a cabo por Juan Álvarez Mendizábal en 1836, ocasionaron el despojo de la propiedad del señorío de Redován a la orden Religiosa, pasando Hondón de los Frailes a constituirse como una pedanía dependiente administrativamente del Ayuntamiento de Redován.
Esta situación de dependencia relativa al municipio de Redován no duraría mucho tiempo. A finales de la década de los años treinta, los vecinos de Hondón de los Frailes elevarían una representación a la Excma. Diputación de Alicante para que fueran “amparadas” sus pretensiones, que consistían en la segregación del municipio de Redován y su posterior incorporación al Ayuntamiento de Novelda (más cercano y mejor comunicado); o que se les concediese la segregación y la posterior facultad para erigirse como Ayuntamiento independiente de otro municipio. Sin embargo, y para sorpresa de todos, la Reina gobernadora resolvió por oficio de 18 de diciembre de 1839, “que el pueblo del Ondon de los frailes, quede segregado del Ayuntamiento de Redován, y se incorpore al del Ondon de las Nieves”. Esta anexión se prolongó en el tiempo hasta el año 1926, momento en el cual se concede la segregación definitiva del municipio.
Durante el transcurso de la Guerra Civil Española, el municipio pasó a denominarse durante un breve período de tiempo “Hondón Libre”, volviendo a la denominación original de Hondón de los Frailes una vez el conflicto armado llega a su fin.
